In het volgende artikel gaan we PyMol bekijken. Python Molecular Graphics is een programma waarmee we moleculen kunnen manipuleren en visualiseren, en dat we in Ubuntu kunnen installeren dankzij het Flatpak-pakket. Dit is een van de weinige open source visualisatietools die beschikbaar zijn voor gebruik in de structurele biologie.
Wat betreft het Py-gedeelte van de naam van dit programma, het verwijst naar het feit dat het uitbreidbaar is dankzij de programmeertaal Python. Volgens welke, kan worden uitgebreid om complexe analyses van moleculaire structuren uit te voeren met behulp van bibliotheken die beschikbaar zijn voor Python, hoe gaat het met ze NumPy of pylab.
PyMOL is een open source moleculaire viewer gemaakt door Warren Lyford Delano en op de markt gebracht door Delano Scientific LLC, een bedrijf dat zich toelegt op het creëren van universeel toegankelijke tools voor de wetenschappelijke en educatieve gemeenschappen. Dit programma is ook geschikt voor het maken van hoogwaardige 3D-beelden van kleine moleculen en biologische macromoleculen. PyMOL heeft de mogelijkheid om moleculen uit verschillende formaten en bronnen te laden, manipuleren en visualiseren.. Het programma kan eenvoudig worden bestuurd via een menugebaseerde GUI of vanuit een groot aantal sneltoetsen en/of schriften. A is beschikbaar raytracer geïntegreerd om afbeeldingen van hoge kwaliteit te genereren voor de gegenereerde weergaven.
Dit is een commercieel product, maar het grootste deel van de broncode is beschikbaar in de repository op: GitHub gratis onder een permissieve licentie. Dit project wordt onderhouden door Schrödinger en uiteindelijk gefinancierd door iedereen die een PyMOL-licentie verwerft.
Algemene kenmerken van PyMOL
- Het programma biedt hoogwaardige graphics. Een ingebouwde raytracer brengt schaduwen en diepte in elke scène. We kunnen ook extern renderen.
- Maak video's kan zo simpel zijn als het laden van meerdere PDB-bestanden en druk op afspelen.
- Afbeeldingen kunnen rechtstreeks in PowerPoint en Keynote worden gekopieerd en geplakt. Stilstaande beelden en weergegeven sequenties kunnen worden gegenereerd in PNG-indeling en als QuickTime-video's.
- De willekeurige logische uitdrukkingen maken het bekijken en bewerken gemakkelijk.
- Account bij oppervlakkige interpretaties goed, en mesh-oppervlakken worden ook ondersteund.
- De tekenfilms met PyMOL ze zijn eenvoudig te maken en weer te geven.
- Het programma zal ons toelaten bedien het vanaf de opdrachtregel en vanuit de GUI.
- Structuren kunnen on-the-fly worden gesneden, gemuteerd en weer in elkaar worden gezet en schrijf naar standaardbestanden (VOB, MOL / SDF).
- Deze applicatie kan worden geïnstalleerd op: grafische afbeeldingen van eiwitten en experimentele structurele gegevens bekijken, analyseren en voorbereiden (bijv. kristallografische, NMR-gebaseerde en elektronenmicroscopie).
- Een van de beste manieren om PyMOL te besturen, is door middel van herbruikbare scripts, die kan worden geschreven in de opdrachttaal of Python.
- Cross-platformcode. Het heeft een enkele codebasis die compatibel is met Unix, Macintosh en Windows, met behulp van OpenGL en Python, naast een klein aantal open source externe afhankelijkheden.
- De ontwikkeling van de gebruikersinterface heeft zich voornamelijk gericht op mogelijkheden, niet op gebruiksgemak voor nieuwe gebruikers.
- Hooi een enkele monolithische opdrachtgeoriënteerde programmeerinterface.
Dit zijn slechts enkele van de kenmerken van dit programma. Ze kunnen raadpleeg ze allemaal in detail van de wiki van het project.
Installeer PyMOL op Ubuntu via Flatpak
Dit programma is beschikbaar op: Flathub. Voor installeer Python Molecular Graphics op Ubuntu via Flatpak, is het noodzakelijk om deze technologie in onze apparatuur te hebben ingeschakeld. Als u Ubuntu 20.04 gebruikt en deze niet hebt, kunt u doorgaan De gids een collega schreef er op deze blog over.
Wanneer u dit type pakket op uw computer kunt installeren, hoeft u alleen maar een terminal te openen (Ctrl + Alt + T) en de volgende opdracht erin te gebruiken om installeer het programma via Flatpak:
flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref
Voor het geval je nodig hebt update het programma, wanneer een nieuwe versie beschikbaar is, is het in een terminal alleen nodig om het commando uit te voeren:
flatpak --user update org.pymol.PyMOL
Na installatie kunnen we start het programma vanuit het menu Toepassingen of een ander startprogramma voor toepassingen dat we beschikbaar hebben. We kunnen ook in de terminal (Ctrl + Alt + T) het commando uitvoeren:
flatpak run org.pymol.PyMOL
uninstall
Voor het geval je dat wilt verwijder Python Molecular Graphics van uw computer, hoeft u alleen een terminal te openen (Ctrl + Alt + T) en daarin uit te voeren:
flatpak uninstall org.pymol.PyMOL
PyMOL is een capabele moleculaire viewer en renderer. Het kan worden gebruikt om cijfers van publicatiekwaliteit voor te bereiden, om interactieve resultaten te delen of om vooraf gerenderde animaties te genereren. Tegenwoordig gebruiken veel wetenschappers in de buurt regelmatig PyMOL voor deze taken. Gebruikers die meer willen weten over dit programma of hoe het werkt, kunnen: ga naar de website of de wiki van het project.